Kryś Justyna

Zakład Dydaktyczny Chemii Teoretycznej
Pracownia Teorii Biopolimerów

Zastosowanie oprogramowania Bioshell do analizy białko-peptyd

Justyna Kryś

Promotor: dr hab. Dominik Gront

Badanie oddziaływań białko-peptyd jest istotnym etapem zdobywania informacji potrzebnych do projektowania leków. Aktualna wiedza w tej dziedzinie jest wciąż zbyt mała, aby szybko i skutecznie tworzyć leki nowej generacji. W celu pogłębienia tej wiedzy prowadzi się modelowanie układów receptorowych zwane dokowaniem. Jego nieodłącznym etapem jest analiza wynikowych modeli pozwalająca poznać i zrozumieć wcześniej wspomniane oddziaływania. W pracy zostało przeprowadzone dokowanie trzech układów białko-peptyd przy użyciu protokołu PIPER-FlexPepDock. Oprogramowaniem użytym do analizy uzyskanych wyników był pakiet BioShell.

Literatura:
[1] Alam N, Goldstein O, Xia B. et al, High-resolution global peptide-protein docking using fragments-based PIPER-FlexPepDock, PLOS Computional Biology, 2017.
[2] Gront D, Kolinski A, BioShell–a package of tools for structural biology computations, Bioinformatics (2006), 22: 621-2.
[3] Meng X, Zhang H, Mezei H, Meng Cui, Molecular Docking: A powerful approach for structure-based drug discovery. Curr Comput Aided Drug Des. 2011, 7(2): 146–157.