Pawlak Aleksandra
Zakład Chemii Fizycznej i Radiochemii
Pracownia Spektroskopii i Oddziaływań Międzycząsteczkowych
Przypisanie przesunięć chemicznych dla dwóch motywów palców cynkowych
Aleksandra Pawlak
Promotor: prof. dr hab. Wiktor Koźmiński
Opiekun: dr Michał Nowakowski
Białka zawierające motyw palca cynkowego stanowią jedną z najliczniejszych grup białek oraz posiadają szeroki zakres funkcji molekularnych. Palec cynkowy to mały motyw strukturalny, który charakteryzuje się specyficzną strukturą przestrzenną oraz koordynuje jeden lub więcej atomów cynku. Jon ten jest koordynowany przez reszty cystein i histydyn. Źródłem nietypowej nazwy tego motywu jest charakterystyczny wygląd oraz obecność atomu cynku [1]. Ze względu na znaczenie biologiczne tej rodziny białek (przede wszystkim fakt, że jedną z ich funkcji jest naprawa DNA), istotne jest uzyskanie jak największej ilości informacji na temat funkcji, stabilności oraz struktury tego motywu. Celem mojej pracy magisterskiej było przypisanie przesunięć chemicznych w widmach dla dwóch motywów palców cynkowych różniących się ilością reszt w łączniku między cysteinami. Do osiągniecia tego celu korzystałam głównie z serii widm dwuwymiarowych NMR, co dla obiektów składających się z około 30 aminokwasów nie było prostym zadaniem. Widma dwuwymiarowe, których używałam do przypisania sygnałów to widmo TOCSY, NOESY, 1H-15N HSQC oraz 1H-13C HSQC. Dla krótszego z motywów udało się uzyskać przypisanie około 90% protonów, a dla dłuższego około 84%. Na podstawie przypisania sygnałów na widmach 2D i analizy 15N i 13C edytowanych widm 3D NOESY dla krótszego z peptydów uzyskano dobrze zdefiniowaną strukturę, natomiast ze względu na niejednoznaczność w przypisaniu sygnałów NOESY na widmie 2D (bez ich ujednoznacznienia na podstawie widm 3D NOESY) nie udało się policzyć dobrze zdefiniowanej struktury dłuższego peptydu.
Literatura:
[1] Cassandri M., Smirnov A., Novelli F., Pitolli C., Agostini M., Malewicz M., Melino G. Giuseppe R. Cell Death Discov. 3, 17071, 2017.