Sypko Aleksandra
Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Pracownia Krystalochemii
Rozszerzenie banku pseudoatomów UBDB w oparciu o najczęściej występujące typy atomów w Cambridge Structural Database
Aleksandra Sypko
Promotor: prof. dr hab. Paulina Maria Dominiak
Celem pracy było rozszerzenie banku UBDB – banku pseudoatomów opisującego typy atomów o zbliżonym otoczeniu chemicznym. Bank ten służy do poprawy wyników udokładniania modelu strukturalnego względem rentgenowskich danych dyfrakcyjnych przy użyciu metody TAAM oraz do szacowania elektrostatycznych właściwości cząsteczek [1].
Baza Cambridge Structural Database [2] została przeszukana w celu znalezienia najbardziej popularnych typów atomów, których brakowało w banku UBDB. Wyszukiwanie zostało ograniczone do struktur zawierających dowolną kombinację atomów węgla z atomami następujących pierwiastków: N, H, O, Cl, S, P i F. Pobrane dane strukturalne zostały sprawdzone w celu znalezienia i wykluczenia z dalszych badań tych, które zawierały błędy niewykryte przez filtry programu zastosowane podczas przeszukania bazy Cambridge Structural Database [2]. Najbardziej popularne oraz niektóre egzotyczne typy atomów, których wciąż brakowało w UDBD2018 [3] zostały dodane do banku w nowym formacie [4], przedstawionym w 2021 roku zwiększając tym samym ilość wpisów do UBDB o 89. Przygotowano statystyki skuteczności rozpoznawania typów atomów przez UBDB. Wartość procentowa rozpoznawanych atomów wzrosła w sumie o 1,58 punktu procentowego, w tym o 0,98 punktu procentowego na skutek pracy autorki tej pracy magisterskiej. Wartość procentowa struktur, w których rozpoznane zostały wszystkie atomy w badanym zbiorze danych wzrosła o 18,45 punktu procentowego dzięki wysiłkowi całego zespołu badawczego. Opisano problemy, które uniemożliwiają opisanie 100% możliwych typów atomów w obecnym formacie banku UBDB.
Literatura:
[1] P. M. Dominiak, Znaczenie I przykłady zastosowania banków pseudoatomów asferycznych w krystalografii małych cząsteczek i ich potencjalne wykorzystanie w krystalografii makromolekuł, Wiadomości Chemiczne 68, 429-455, 2014.
[2] R. Taylor, New software for searching the Cambridge Structural Database and visualising crystal structures, Acta Crystallographica Section B B58, 389-397, 2002.
[3] P. Kumar, B. Gruza, S. A. Bojarowski, P. M. Dominiak, Extension of the transferable aspherical pseudoatom data bank for the comparison of molecular electrostatic potentials in structure-activity studies, Acta Crystallographica Section A A75, 398-408, 2019.
[4] K. K. Jha, B. Gruza, M. L. Chodkiewicz, P. M. Dominiak, TAAM: a reliable and user friendly tool for hydrogen-atom location using routine X-ray diffraction data, Acta Crystallographica Section B B76, 296-306, 2020.