Pracownia Teorii Biopolimerów

    Badania i nauka > Grupy badawcze > Pracownia Teorii Biopolimerów

PRACOWNIA TEORII BIOPOLIMERÓW

Kierownik pracowni:

Prof. dr hab. Andrzej Koliński

Samodzielni pracownicy naukowi:

Pozostali pracownicy:

  • Dr Maksim Kouza
  • Dr Mateusz Kurciński
  • Dr Łukasz Wieteska
  • Administracja: Alicja Kurcińska

Doktoranci:

  • Mgr Aleksandra Dawid
  • Mgr Aleksander Kuriata
  • Mgr Paweł Dąbrowski-Tumański

Pełny adres własnego serwisu www pracowni:

http://biocomp.chem.uw.edu.pl/

Tematyka badawcza:

  • modelowanie białek i ich kompleksów (na różnych poziomach rozdzielczości)
  • przewidywanie struktury białek i symulacje dynamiki białek
  • modelowanie oddziaływań białek, dokowanie molekularne
  • bioinformatyka, statystyka biomedyczna
  • komputerowe wspomaganie projektowania leków, projektowanie leków oparte na strukturze celu molekularnego
  • przewidywanie funkcji białek
  • rozwój oprogramowania do modelowanie molekularnego

Najważniejsze osiągnięcia:

Dostęp do oprogramowania rozwijanego w naszym laboratorium:

http://biocomp.chem.uw.edu.pl/tools

Lista publikacji:

http://biocomp.chem.uw.edu.pl/publications/82

Przykładowe przewidywane tematy prac licencjackich i magisterskich:

Laboratorium Teorii Biopolimerów poszukuje zmotywowanych studentów do swojego zespołu, którzy chcieliby podjąć się wykonania projektów programistycznych. W zależności od zainteresowania i stopnia zaangażowania, współpraca może mieć wymiar pracy dyplomowej (licencjackiej lub magisterskiej), udziału w projekcie publikacyjnym, czy np. praktyk.
Laboratorium zajmuje się rozwijaniem metod modelowania molekularnego białek (do przewidywania struktury białek, symulacji ich dynamiki oraz badania oddziaływań). Pakiet rozwijanych w naszej pracowni metod cieszy się sporym zainteresowaniem i ma potencjał komercjalizacyjny w przemyśle farmaceutycznym. Zajmujemy się również zastosowaniem różnego rodzaju metod (modelowania, bioinformatycznych, statystycznych) we wspomaganiu projektowania leków oraz interpretacji danych eksperymentalnych. Zaangażowanym współpracownikom oferujemy stypendia naukowe oraz udział w międzynarodowych konferencjach. Szczegółowe informacje na temat pracy Laboratorium oraz ostatnie publikacje można znaleźć na naszej stronie.
Zadania, które moglibyśmy Państwu powierzyć dotyczą m.in.:
(1) rozwijania metod modelowania oddziaływań białek (np. oddziaływań białko-peptyd, białko-białko) oraz ich dostosowaniem do potrzeb projektowania leków
(2) zastosowania istniejących metod modelowania do przewidywania struktury, dynamiki i funkcji biomolekuł lub ich kompleksów
(3) przygotowania pakietu narzędzi do analizy wyników modelowania
(4) stworzenia webowego interfejsu do automatycznej analizy wyników symulacji
(5) stworzenia metod text/data-miningowych wspomagających modelowanie komputerowe
(6) przygotowania narzędzi do zautomatyzowanego testowania rozwijanych w Laboratorium metod, lub inne, więcej na temat naszych badań: http://biocomp.chem.uw.edu.pl/research

Ważniejsze projekty badawcze i współpraca międzynarodowa:

Grant MAESTRO finansowany przez Narodowe Centrum Nauki, „Nowe wydajne metody giętkiego dokowania molekularnego białek”, 2015-2020, kierownik: prof. dr hab. Andrzej Koliński
Grant ERA-NET IB finansowany przez Narodowe Centrum Badań i rozwoju, „Zintegrowane podejście do rozpowszechnienia hydroksylacji z użyciem enzymów P450 w procesach przemysłowych”, 2014-2017, kierownik: dr Dominik Gront