Kierunek Chemia medyczna drugiego stopnia to trzysemestralne studia magisterskie zaplanowane są jako kontynuacja siedmiosemestralnych, inżynierskich studiów pierwszego stopnia Chemia medyczna.

W ramach kierunku student może wybrać jedną z dwóch odrębnych ścieżek. Pierwsza z nich – Od projektowania do wdrożenia leku – to ścieżka w której położony jest nacisk na zagadnienia związane z poszukiwaniem nowych leków, ich projektowaniem, syntezą, modyfikacją, analizą, ochroną patentową, badaniami klinicznymi i przygotowaniem do wdrożenia. Druga ścieżka – Nowe metody bioanalizy medycznej –dotyczy opracowywania nowych metod do badania mechanizmów procesów zachodzących w organizmach żywych na poziomie molekularnym, ich monitorowania oraz do zastosowania w szeroko rozumianej diagnostyce medycznej.

Z uwagi na interdyscyplinarność kierunku studiów zajęcia poza Wydziałem Chemii będą odbywały się na Wydziale Biologii, gdzie pracownicy dydaktyczni zapewniają najwyższą jakość kształcenia w zakresie biologicznych aspektów schorzeń oraz Wydziale Farmaceutycznym WUM – gwarantującym wysoką jakość badań i kształcenia kadry w zakresie farmacji, analityki medycznej, oceny technologii medycznych, a od najbliższego roku także w zakresie toksykologii z elementami kryminalistyki.